Iwata nisi karrierën e tij si programues i lojërave për kompaninë HAL Laboratory, e cila ka bashkëpunuar në të kaluarën me kompaninë Nintendo në disa projekte të ndryshme.

Ai iu bashkua kompanisë japoneze të lojërave në vitin 2000. Në vitin 2002 Iwata u bë presidenti i katërt i kompanisë Nintendo. Gjatë kohës që ka punuar tek Nintendo, Iwata është përfshirë në disa projekte të suksesshme të kompanisë. Ai u bë shefi ekzekutiv i divizionit të Nintendo-s në Amerikë në vitin 2013.

Satoru Iwata ndërroi jetë në moshën 55-vjeçare pas një beteje të gjatë me kancerin.